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2009年，三峽大學(xué)整合水利、土木、生態(tài)學(xué)等優(yōu)勢學(xué)科資源，申報獲批三峽庫區(qū)生態(tài)環(huán)境教育部工程研究中心，并于2013年通過教育部驗(yàn)收。

中心立足三峽庫區(qū)，輻射全國水利水電工程。建立了2個省級國際科研平臺；加入了5個關(guān)于長江大保護(hù)的國家級、省部級平臺，為“長江經(jīng)濟(jì)帶”、“長江大保護(hù)”和水庫高效運(yùn)行提供科技支撐。形成了三峽庫區(qū)水污染控制與水華應(yīng)急技術(shù)、三峽庫區(qū)庫岸防護(hù)與生態(tài)恢復(fù)技術(shù)和工程影響魚類保護(hù)與過壩技術(shù)3個特色方向，具有較強(qiáng)的團(tuán)隊攻關(guān)能力和解決工程影響的生態(tài)環(huán)境問題能力。建成特色鮮明、國際上有影響、國內(nèi)一流的水利水電影響下的生態(tài)環(huán)境工程研究中心。三峽庫區(qū)生態(tài)環(huán)境教育部工程研究中心以持續(xù)改善長江生態(tài)環(huán)境為目標(biāo)，聚焦三峽水庫支流庫灣富營養(yǎng)化和水華問題、水庫消落帶生態(tài)恢復(fù)問題和大壩阻斷魚類洄游通道等突出環(huán)境問題，持續(xù)對長江大保護(hù)修復(fù)攻堅戰(zhàn)提供決策支持。